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建行短信服务费的扣除方式如下。
1、从银行卡余额里面扣费，银行卡的短信服务费是银行的一项收费项目，一般会在用户开卡时自动开通，并从银行卡余额中扣除，具体的扣费时间和扣费金额会在办卡时与银行客服协商确定，如果中途取消短信通知服务，已扣除的费用不会退还，如果用户没有取消短信服务，银行会按月正常收取费用。
2、如果银行卡余额不足，长期欠费的话，银行会发短信或电话催缴欠费，如果账户余额为零或长时间未补足欠款，银行会自动停止短信服务并转为欠费账户，用户需要将欠费补足后，才能重新开通短信服务，为了避免逾期扣费的情况，建议用户及时关注账户余额和短信通知服务情况。
建行的短信服务费是从银行卡余额中扣除的，如有更多疑问，建议咨询建行客服人员获取更多信息。